Μετά τους Περσικούς Πολέμους τα Στάγειρα έγιναν μέλος της Α΄ Αθηναϊκής Συμμαχίας συνεισφέροντας στο κοινό ταμείο. Στον Πελοποννησιακό Πόλεμο και συγκεκριμένα το έτος 424 π.Χ., οι Σταγειρίτες αποστάτησαν από τους Αθηναίους και συμμάχησαν με τους Σπαρτιάτες. Το γεγονός εξόργισε τους Αθηναίους, οι οποίοι και έσπευσαν με επικεφαλής τον αμφιλεγόμενο στρατηγό Κλέωνα να πολιορκήσουν την πόλη, δίχως όμως αποτέλεσμα.
Μετέπειτα τα Στάγειρα προσχώρησαν στο Κοινό των Χαλκιδέων, το οποίο αποτελούσε την συμμαχία 32 παραλιακών πόλεων της Χαλκιδικής με έδρα την πόλη της Ολύνθου.
Ο Αριστοτέλης απεβίωσε μεταξύ πρώτης και εικοστής δευτέρας Οκτωβρίου του έτους 322 π.Χ. στη Χαλκίδα από στομαχικό νόσημα, μέσα σε θλίψη και μελαγχολία. Το σώμα του μεταφέρθηκε στα Στάγειρα, όπου θάφτηκε με εξαιρετικές τιμές. Οι συμπολίτες του τον ανακήρυξαν "οικιστή" της πόλης και έχτισαν βωμό πάνω στον τάφο του. Στη μνήμη του καθιέρωσαν γιορτή, τα "Αριστοτέλεια", και ονόμασαν έναν από τους μήνες "Αριστοτέλειο". Η πλατεία όπου θάφτηκε ορίστηκε ως τόπος των συνεδρίων της βουλής.
Ο διδάκτωρ της κλασικής αρχαιολογίας Κώστας Σισμανίδης και επικεφαλής της συστηματικής ανασκαφής στον χώρο των Αρχαίων Σταγείρων, που έγινε από το προσωπικό της ΙΣΤ' Εφορείας Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων, εξέφρασε την βεβαιότητα του ότι ο τάφος του Αριστοτέλη βρίσκεται στον αρχαιολογικό χώρο των Αρχαίων Σταγείρων, αλλά και την πεποίθηση ότι μια αρχιτεκτονική έρευνα θα έφερνε στο φως και επιγραφές οι οποίες θα επιβεβαίωναν την σημαντική αυτή ανακάλυψη.
Τα ανασκαφικά δεδομένα και παλιές γραμματειακές πηγές συγκλίνουν στην άποψη ότι το αψιδωτό ή πεταλοειδές οικοδόμημα αλλά και ο βωμός σε μαρμαροθετημένο δάπεδο των ελληνιστικών χρόνων, που αποκάλυψαν οι ανασκαφές στην αρχαία πόλη το 1996, σύμφωνα με τον αρχαιολόγο Κ. Σισμανίδη ήταν ο τάφος και το ηρώο του Αριστοτέλη. Ένα ταφικό ηρώο όπου οι Σταγειρίτες τον τίμησαν ως ήρωα, σωτήρα, νομοθέτη και δεύτερο «οικιστή» της πόλης τους, εφόσον με δική του μεσολάβηση στον Φίλιππο επανιδρύθηκαν (340 π.Χ) τα Στάγειρα, που είχαν καταστραφεί από τον ίδιο Μακεδόνα βασιλιά το 349 π.Χ.
Οι Σταγειρίτες γι' αυτές του της πράξεις τον τιμούσαν με ετήσιες γιορτές και αγώνες τα λεγόμενα “Αριστοτέλεια” και ο μήνας λεγόταν “Σταγειρίτης”.
Εκτός από τις ανασκαφές που έγιναν στα Αρχαία Στάγειρα και τις ανακοινώσεις του Κ. Σισμανίδη, υπάρχουν και άλλες πηγές που ενισχύουν την άποψη ότι ο τάφος του Αριστοτέλη βρίσκεται στα Αρχαία Στάγειρα.
Πρώτη πηγή είναι μια αιγυπτιακή βιογραφία του Αριστοτέλη από τον αλεξανδρινό λόγιο Abul-I-Yata al-Mubassiz, το 2ο μισό του 11 αιώνα μ.χ., όπου στο “βιβλίο” εκλογών σοφίας και όμορφων αποφθεγμάτων, αντιγράφει την μεταφορά στην αιγυπτιακή γλώσσα από τον Ishaq Ibn Hunayn (περί το 900 μ.χ.) μιας βιογραφίας του Αριστοτέλη από κάποιον Πτολεμαίο που έζησε το 1ο μισό του 4ου αιώνα μ.χ. Η σχετική μαρτυρία σε μετάφραση έχει ως εξής: Όταν ο Αριστοτέλης πέθανε στην Χαλκίδα τον Οκτώβριο του 322 π.χ. οι Σταγειρίτες ζήτησαν και έφεραν την τέφρα του στην πατρίδα τους. Την έβαλαν μέσα σε χάλκινη υδρία και την απέθεσαν σε μια τοποθεσία που λέγεται “Αριστοτέλειον”. Κάθε φορά που είχαν σοβαρές υποθέσεις και προβλήματα, συγκαλούσαν σε αυτόν τον τόπο την συνέλευσή τους. Επίσης σύμφωνα με τον Διογένη τον Λαέρτιο στο πέμπτο του βιβλίο, πιθανότατα μέσα στον τάφο του Αριστοτέλη να υπάρχουν και τα οστά της γυναίκας του, Πυθιάδος, που είχε πεθάνει προ ετών , επιθυμία την οποία είχε εκφράσει ο Αριστοτέλης λέγοντας:
[...] όπου δ’ αν ποιώνται την ταφήν, ενταύθα και τα Πυθιάδος οστά ανελόνται θείναι, ώσπερ αυτή προσέταξεν”.
— Διογένης Λαέρτιος, Βίοι Φιλοσόφων, Βιβλίο Ε', Κεφ. 1.16
Μια δεύτερη πηγή, στο χειρόγραφο 257 της Μαρκιανής βιβλιοθήκης της Βενετίας (κώδικας Μαρτσιάνης 257) περί τα 1600 μ.Χ, αναφέρεται σε μια βιογραφία του Αριστοτέλη γνωστή ως Vita Marciana, η οποία αντιγράφει ένα αρχαιοελληνικό κείμενο, σύμφωνα με αυτό σε μετάφραση λέει: “O Αριστοτέλης, όταν απεβίωσε, οι Σταγειρίτες έστειλαν και πήραν το σώμα αυτού και βωμό έστησαν στον τάφο και Αριστοτέλειον ονόμασαν αυτόν και εκεί την βουλή τους συνάθροιζαν”.
Πληροφορίες αντλήθηκαν από τις παρακάτω πηγές:
