Όταν η αποστολή απέτυχε, ο Αρισταγόρας για να αποφύγει την τιμωρία για τις υποσχέσεις που είχε δώσει στον σατράπη, ξεκίνησε την επανάσταση στις δυσαρεστημένες Ιωνικές πόλεις. Ολόκληρη η Ιωνία επαναστάτησε και πολύ σύντομα απελευθερώθηκε από την τυραννία. Χωρίς να χάσει χρόνο, ο Αρισταγόρας πήγε στην Σπάρτη και ζήτησε την βοήθεια τους.
Ο βασιλιάς Κλεομένης προσωπικά στην αρχή ήθελε να βοηθήσει τους Ίωνες, αλλά οι Λακεδαιμόνιοι πήραν την απόφαση να μην αναμειχθούν σε μια τόσο μακρινή εκστρατεία. Λέγεται δε ότι, όταν ο Αρισταγόρας πρόσφερε στον Κλεομένη όλο και περισσότερα χρήματα, η οκτάχρονη κόρη του, Γοργό, είπε στον πατέρα της "Φύγε μακριά πατέρα, διαφορετικά αυτός ο άνθρωπος θα σε διαφθείρει".
Μετά από την άρνηση της Σπάρτης, ο Αριστάγορας πήγε στην Αθήνα και τους έπεισε να βοηθήσουν την εξέγερση. Οι Αθηναίοι και οι Ερετριείς έστειλαν στόλο (20 τριήρεις οι Αθηναίοι και 5 οι Ερετριείς) και ενώνοντας τις δυνάμεις τους με τις Ιωνικές, βάδισαν και επετέθησαν στην πόλη των Σάρδεων, η οποία κάηκε από ατύχημα (498 π.Χ.). Οι Έλληνες όμως απέτυχαν να καταλάβουν την Ακρόπολη και στην επιστροφή τους προς τα παράλια, ο Περσικός στρατός τους επιτέθηκε πλησίον της Εφέσου και τους κατεδίωξε.
Μετά από αυτό το συμβάν, οι Αθηναίοι γύρισαν πίσω και δεν αναμείχθηκαν ξανά στις Ιωνικές υποθέσεις.
Όταν ο Δαρείος έμαθε για το κάψιμο των Σάρδεων, με μεγάλη οργή ζήτησε να μάθει ποιος το έκανε. Όταν του είπαν "οι Αθηναίοι", ξαναρώτησε "και ποιοι είναι?" Όταν τον πληροφόρησαν, έριξε ένα βέλος προς τον ουρανό και είπε: "επέτρεψε μου Δία να πάρω εκδίκηση εναντίον των Αθηναίων" και έδωσε διαταγή σε έναν από τους υπηρέτες του να του θυμίζει τρεις φορές την ημέρα, κατά την διάρκεια του δείπνου: "Δέσποτα, μέμνησον τοις Αθηναίοις".
Μετά την εκστρατεία εναντίον των Σάρδεων, πολλές άλλες πόλεις επαναστάτησαν στην Μικρά Ασία, Θράκη και Κύπρο. Το 494 π.Χ., ο Περσικός και ο Ιωνικός στόλος έδωσαν μάχη έξω από την νήσο Λάδη, πλησίον του λιμανιού της Μιλήτου. Ο Περσικός στόλος αποτελείτο από 600 Φοινικικά πλοία, ο δε Ελληνικός από 353 πλοία. Τα πλοία της Χίου κατατρόπωσαν τον εχθρό και η ναυμαχία θα είχε κερδισθεί από τους κατά πολύ ανώτερους ναυτικούς των Ιωνικών πόλεων, αλλά όταν 50 πλοία από την Σάμο και άλλα 70 από την Λέσβο απεχώρησαν με δόλο, η μάχη χάθηκε.
Ο Φοινικικός στόλος, ο οποίος είχε μεγάλη υπεροχή σε αριθμό πλοίων, κέρδισε την μάχη. Η Μίλητος που πολιορκήθηκε τώρα από στεριά και θάλασσα, κατελήφθη και κατεστράφη ολοσχερώς. Οι περισσότεροι από τους κατοίκους σφαγιάστηκαν και οι υπόλοιποι μεταφέρθηκαν στην Άμπη, μια πόλη κοντά στην κοίτη του ποταμού Τίγρη. Η Μίλητος έπεσε τον έκτο χρόνο, μετά την εξέγερση της (494 π.Χ.). Ο ναός του Απόλλωνος στα Δίδυμα, ένα από τα πιο σπουδαία μαντεία της Ελλάδος κάηκε, όπως είχαν προφητεύσει οι ιερείς του, οι Βραγχίδες.
Έναν χρόνο μετά την πτώση της Μιλήτου, ο ποιητής Φρύνιχος χρησιμοποίησε την άλωση της ως θέμα, στο έργο του, "Μιλήτου άλωσις", το οποίο παίχθηκε στην Αθήνα. Ολόκληρο το θέατρο έκλαιγε και οι Αθηναίοι έπαθαν τέτοια κατάθλιψη, ώστε υποχρέωσαν τον Φρύνιχο να πληρώσει πρόστιμο χιλίων δραχμών, γιατί τους έκανε να θυμηθούν δικές τους συμφορές, την δε τραγωδία του την απαγόρευσαν να ξαναπαιχθεί.
Μάθετε στο παρακάτω βίντεο όλες τις λεπτομέρειες για την Ιωνική επανάσταση που οδήγησε στην μεγάλη ελληνο-περσική σύγκρουση:
