Ο χώρος ονομαζόταν αρχικά Δελφύς – αρχαιοελληνική λέξη που σημαίνει «μήτρα, κοιλιά» – λόγω του σχήματός του ή επειδή εκεί λατρευόταν κατά τη μυκηναϊκή εποχή η μητέρα – θεά Γη. Επίσης, η ονομασία «Δελφοί» μάς παραπέμπει στον Δελφό, ο οποίος ήταν γιος ή του Ποσειδώνος ή του Απόλλωνος, και αδελφός του Παρνασσού.
Ο μεν Δελφός είχε επινοήσει τη μαντική τέχνη με την εξέταση των σπλάχνων των θυσιαζομένων ζώων, ο δε Παρνασσός μάντευε από τον τρόπο που πετούσαν τα πουλιά.Στους Δελφούς, κατά τη Μυθολογία, συναντήθηκαν οι δύο αετοί που έστειλε από τα άκρα του σύμπαντος ο Δίας, τον ένα από την Ανατολή και τον άλλο από τη Δύση, για να βρεθεί το κέντρο του κόσμου. Η ιστορία των Δελφών χάνεται στα βάθη της προϊστορίας και στους μύθους των αρχαίων Ελλήνων.
Σύμφωνα με την παράδοση, εδώ υπήρχε αρχικά Ιερό αφιερωμένο στη γυναικεία θεότητα της Γης, φύλακας του οποίου ήταν το τερατόμορφο φίδι Πύθων, γιος και προστάτης της θεάς Γης. Ο Απόλλων, γιος του Διός, έφυγε από τον Όλυμπο, με σκοπό να σκοτώσει τον Πύθωνα και να κατακτήσει αυτό το όμορφο και ιερό μέρος.
Ο θεός αυτός του φωτός, της χάρης, της μουσικής και της καλλιτεχνίας, σφάζοντας τον Πύθωνα, πρόσφερε στους Έλληνες τον θρίαμβο της κατατρόπωσης του πρωτόγονου ενστίκτου, ωθώντας τους ταυτόχρονα στη δημιουργία καλλιτεχνημάτων σε όλους τους τομείς της μουσικής, της γλυπτικής και της συγγραφής. Μετά την σφαγή του Πύθωνος, ο Απόλλων αυτοεξορίστηκε, για να αυτοτιμωρηθεί και να εξαγνισθεί.
Έπειτα επέστρεψε, μεταμορφωμένος σε δελφίνι και οδηγώντας ένα καράβι με Κρητικούς ναυτικούς, το οποίο έφθασε στην Κίρρα, επίνειο των Δελφών. Οι ναυτικοί έμειναν κι αυτοί στους Δελφούς, έχτισαν το Ιερό του Απόλλωνος και έγιναν ιερείς του.
Ο Απόλλων στέφθηκε επισήμως άρχοντας και προστάτης των Δελφών, στο σημείο δε εκείνο, όπου έγινε η σφαγή του Πύθωνος, ο ύψιστος των θεών Δίας έριξε τον ιερό βράχο, μια τεράστια λευκή πέτρα σε σχήμα αυγού, κι έτσι οι Δελφοί έγιναν γνωστοί στα πέρατα του τότε κόσμου ως ο «ομφαλός της Γης».
